Sekolah Menengah Atas (SMA) Negeri 99 Jakarta, berdiri sejak tahun 1987 tepatnya tanggal 17 Juli 1987. Pada tahun pertama pelajaran 1987-1988 sekolah yang dipimpin oleh Kepala Sekolah Bapak Drs. Malani Manaf (Almarhum). Keadaan sekolah masih dalam kondisi masih sangat sederhana. Bangunannya terdiri atas dua lantai yang meliputi 10 ruang kelas belajar, 1 ruang Kepala Sekolah dan Tata Usaha, 1 ruang Guru, 1 ruang Koperasi, 1 ruang Perpustakaan, 1 ruang OSIS, 1 ruang Laborotorium IPA, 1 ruang PMR, 1 ruang Serba Guna, dan 1 rumah penjaga sekolah. Untuk melengkapi sarana Olang Raga yang belum ada diupayakan dengan membersihkan ilalang pada halaman sekolah. Pada tahun 1988, berdasarkan SK Kanwil Depdikbud DKI Jakarta nomor: 025/O/1988, tertanggal 8 Februari 1988 yang masih status SMA Baru, diubah namanya menjadi SMA Negeri 99 Jakarta.